1851. aasta aprillis kutsuti doktor Hunnius Peterburist saabunud haige tütarlapse juurde. Ilmselt oli tegemist nakkusega, sest varsti peale visiiti avaldusid samad haigusnähud ka arstil endal. Vaatamata kolleegide jõupingutustele lõppes C. A. Hunniuse elutee peale mõnepäevast põdemist 10. mail. Ta maeti Haapsalu Vanale kalmistule abikaasa kõrvale. Tema järglaseks nii kreisiarsti ametis kui ka kurortoloogia alal sai Carl Abraham Hunniuse vanim poeg Karl Arthur Hunnius, kes on samuti maetud isa kõrvale Haapsalu Vanal kalmistul.